Die Gemeinde Arnhofen verlor im Zuge der Eingemeindungen im Jahr 1972 ihre politische Eigenständigkeit und ist heute ein Ortsteil des östlichen Stadtgebiets von Abensberg. Erstmals urkundlich erwähnt wird Arnhofen 867 als ‚Arnhelmahova’, dem ‚Hof des Arnhelm’.
1874 erhielt Arnhofen im Zuge der Eröffnung der Bahnstrecke Ingolstadt- Regensburg einen eigenen Bahnhof mit Güterhalle. Bereits 90 Jahre später wurde das Bahnhofsgebäude wegen zu geringer Auslastung wieder abgerissen. Einzelne Züge machten zwar noch Halt, 1980 wurde der Bahnbetrieb dann aber endgültig eingestellt.
Um die Verwaltung zu erleichtern schlug ein Königlicher Bezirksamtmann 1910 den Zusammenschluss von Pullach und Arnhofen vor, weil die Orte zur gleichen Pfarrei und Schule gehörten. Jedoch konnte sich keine der beiden Gemeinden für eine politische Vereinigung begeistern.
Nach dem 2. Weltkrieg verlor Arnhofen seine Selbstständigkeit. Eine von den amerikanischen Truppen veranlasste Gemeindereform bewirkte die Angliederung Arnhofens an Pullach, die aber bereits 1948 wieder rückgängig gemacht wurde.
Zwischen den Stadtteilen Arnhofen und Pullach besteht dennoch eine im Lauf der Zeit gewachsene und bis heute bestehende enge Verbindung. Arnhofen gehört z.B. zur Pfarrei von Pullach und beide Orte teilen sich ein gemeinsames Vereinswesen.
Die Einwohnerzahl Arnhofens erhöhte sich von 219 Bewohnern im Jahr 1912 auf 453 im Jahr 2008.