Aunkofen war bis zu seiner Eingemeindung nach Abensberg am 1.4.1939 eine eigenständige Gemeinde. Im Gegensatz zu den meisten anderen Gemeindeteilen Abensbergs verlor Aunkofen seine Eigenständigkeit noch vor dem 2. Weltkrieg.
Im 9. Jahrhundert wird Aunkofen als „Ouanashovon“ urkundlich erwähnt: In dem Dokument überschreibt ein Bischof sein Lehen in Aunkofen an einen Subdiakon. Eine andere Urkunde vom 1. Mai 1128 bestätigt die Zugehörigkeit Aunkofens („Awenshoven“) zu den Besitzungen des Klosters Weltenburg. In den Traditionsbüchern des Klosters Weltenburg wird außerdem angedeutet, dass es in Aunkofen ein Adelsgeschlecht gegeben haben soll, welches ungefähr bis zur ersten Hälfte des 12. Jahrhunderts dort ansässig gewesen war. Da sich im Ort allerdings keine Überreste eines Herrenhauses finden vermutet man, dass die Liebfrauenkirche von Aunkofen auf dem Grund der Adligen erbaut wurde.
Die Aunkofener Kirche Mariä Himmelfahrt ist romanischen Ursprungs, Chor und Turm sind gotischen Stils und wurden erst um 1450 errichtet. Abensberg wurde 1380 zur selbstständigen Pfarrei erhoben. Die Liebfrauenkirche war vor Errichtung von St. Barbara die erste Pfarrkirche von Abensberg.
Das Gebäude des heutigen Wirtshauses von Aunkofen war ehemals der Sommersitz des Karmelitenklosters von Abensberg.
Das Gebiet von Aunkofen erstreckt sich heute am südlichen Rand von Abensberg bis zum Badhaus und ist mit der Stadt Abensberg zusammengewachsen.
Aunkofens Einwohnerzahl ist im Vergleich zu den 436 Bewohnern 1912 auf 422 im Jahr 2006 leicht gesunken.